Gráficos

Bioinformática:

Biological Data Visualization

• genomas
• alinhamentos
• filogenias
• estrutura molecular
• ressonância magnética
• sistemas
• sensoriamento remoto
• “big data”

Gráficos

• Representação esquemática

Plot

• Técnica gráfica para conjunto de dados
• Representação que revela e ressalta padrão
• Retem a estrutura original

Gráficos

> faces(matrix(sample(1:1000,128),16,8),main="carinhas aleatórias")

;) :( >:P :^D

;) :( >:P :^D

Chernoff faces

Herman Chernoff 1973

The Use of Faces to Represent Points in K-Dimensional Space Graphically J. American Statistic Association 68(342); 361-368.

Método

• Programados para reconhecer

• Interpretar intenções e estado de humor

• Variáveis: forma e tamanho dos elementos

Problemas: elementos da face

• interação
• complexidade
• hierarquia

Princípios gRáficos

• Ressaltar padrão de interesse
• Reter a estrutura dos dados
• Remeter aos dados originais
• Razão dados/tinta alta
• Resistir:
  • distorcer
  • exagerar
  • aparar

Melhor Gráfico

Melhor Gráfico

O QUE O EDITOR GOSTA!!

Melhor Gráfico

• Apresenta os dados claramente
• Ressalta o que é de interesse
• Acurado
• Conciso
• Esteticamente agradável

Os 10 mandamentos do Prof. Glauco

1. Evitar dimensões e cores desnecessárias
2. Não colocar bordas externas
3. Eixos: deve ter legenda e significado
4. Grades: poluem e devem ser evitadas
5. Preenchimentos: evitar
6. Título: nunca
7. Usar o padrão decimal do seu idioma ??!!
8. Unidades de medidas nas legendas dos eixos
9. Legendas: tornem o gráfico auto-explicativo
10. Citar figuras na ordem que aparecem no texto

Onde está o erro?

Um gráfico um pouco melhor

Um gráfico melhor

Um bom gráfico

Padrão do Excel

Melhor Gráfico

• Apresenta os dados claramente
• Ressalta o que é de interesse
• Acurado
• Conciso
• Esteticamente agradável

E O EDITOR GOSTE!

Sistema gRáfico no R

• Dispositivo Gráfico (grDevices):

  • tela (monitor)
  • arquivo (pdf, jpeg, tiff)

• Parâmetros globais (graphics)

• Funções de alto nível

• Funções subordinadas

• Funcões interativas

Dispositivos: grDevices

Dispositivo tela:

X11( ); x11( )
quartz( )

Dispositivos de arquivos:

postscript ( ); pdf ( ) ; jpeg ( ); tiff( )

Manipulando os dispositivos:

dev.cur ( ); dev.list(); dev.off()

Salvando o gráfico:

dispositivo de tela:

savePlot(filename = "meuplot.png", type = "png",
         device = dev.cur())

dispositivo de arquivo:

bmp(); jpeg(); tiff(); png(); pdf(); postscript()

dev.off()

Funções graphics

Parâmetros Globais e Layout

par( )

Layout

 layout( ), layout.show( )

Alto nível

• abrem o dispositivo gráfico de tela/arquivo

plot( ); hist( ); coplot ( ); image( )

Funções graphics

subordinadas:

• necessitam uma função de alto nível prévia

points( ); lines( ), rect( )... 

interativas:

• aplica-se ao dispositivo de tela aberto

locator( ); identify( )

Vamos ao

Procedimento “do gráfico”

• iniciar um dispositivo de tela/arquivo
• modificar parâmetros do dispositivo
• usar função de alto nível para:
  • estruturar coordenadas (x, y)
  • modificar outros parâmetros necessários
• acrescentar elementos com funções subordinadas
• caso necessário:
  • modificar outros parâmetros básicos

Dicas:

• Busque exemplos

R Gallery: http://rgraphgallery.blogspot.com

• Se organize

Um relatório

No limits!

install.packages("caTools")
library(caTools)
jet.colors = colorRampPalette(c("#00007F", "blue", "#007FFF", "cyan", "#7FFF7F", "yellow", "#FF7F00", "red", "#7F0000")) 
m = 600
C = complex( real=rep(seq(-1.8,0.6, length.out=m), each=m ), 
             imag=rep(seq(-1.2,1.2, length.out=m), m ) ) 
C = matrix(C,m,m)
Z = 0 
X = array(0, c(m,m,20))
for (k in 1:20) { 
  Z = Z^2+C 
  X[,,k] = exp(-abs(Z)) 
} 
write.gif(X, "Mandelbrot.gif", col=jet.colors, delay=20)

Gráfico Cris Banks

Vamos ao

Procedimento Alê

• faça o esquema do gráfico na mão
• estabeleça o layout básico
• mude os parâmetros gerais para cada compartimento
  • teste e ajuste
• construa o espaço de coordenadas vazio
• acrescente cada elementos ao gráfico
  • eixos
  • legendas
  • pontos
  • barras de erro
  • linhas guias
  • outros
• passe para o outro painel

Um gráfico de Meta Análise

Castanho et al. 2015. PeerJ, 3, e768

Um esboço de gRáfico

Atividades desta tarde

Tutorial 5a e 5b

Apostila

Entregar até quarta 8h:

Exercícios de gráficos